2003年药学院获得药物化学硕士授权点。目前，拥有“重大新药新型释药系统”服务国家特殊需求博士人才培养项目、药学一级学科硕士学位授权点、药学硕士专业学位授权点，设有药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学、天然药物化学、临床药学、制药工程、药事管理学等十个二级学科。已培养硕士研究生185人，现有在校生125人，其中博士生7人，硕士生118人。

近年来，硕士研究生共获得山东省优秀硕士学位论文5篇，山东省研究生优秀科技创新成果二等奖1项、三等奖1项，山东省专业学位研究生优秀实践成果奖3项，其他省级奖励11项；校级研究生科技创新基金重点项目5项，一般项目4项；共发表论文308篇（第一作者或导师第一作者研究生第二作者），其中被SCI收录110篇，中文核心期刊144篇。

（数据资料截至2015年9月）